Технология сканирования радужной оболочки глаза была впервые предложена в 1936 году офтальмологом Франком Бурхом (Frank Burch). Он отметил, что радужная оболочка глаза каждого человека является уникальной. В 1994 году Джон Дафман (John Daugman) из компании Iridian Technologies запатентовал алгоритм для обнаружения таких различий.

В системах сканирования сетчатки глаза идентификация происходит с использованием инфракрасного излучения низкой интенсивности, направленного через зрачок к кровеносным сосудам на задней стенке глаза. У сканеров сетчатки глаза - один из самых низких процентов отказа в доступе зарегистрированных пользователей и практически не бывает ошибочных разрешений доступа, хотя возрастные изменения сетчатки тоже способны повлиять на результат. Кроме того, изображение радужной оболочки должно быть четким, поэтому наличие катаракты может также привести к отказу в доступе.

Сканеры глаз анализируют различные детали цветной ткани, окружающей зрачок. Для сканирования используется обычная видеокамера. При этом пользователь смотрит в устройство, а после сканирования радужной оболочки оно сравнивает полученное изображение с имеющимися в базе. Процесс опознавания варьируется, но обычно составляет менее пяти секунд. При этом для сканирования достаточно лишь быстрого взгляда в устройство.

Для предотвращения использования поддельных глаз, некоторые модели изменяют поток света, идущий в глаз, и следят за реакцией зрачка – не изменяющийся размер свидетельствует о подделке.

В настоящее время подобные сканеры используются в различных военных и правоохранительных структурах. Однако они не получили такого широкого распространения, как сканеры отпечатков пальцев, несмотря на свою более высокую безопасность. Обычно такие сканеры громоздки.
Сканеры сетчатки имеют аналогичный принцип работы, однако при этом человек должен находиться очень близко к камере. Данная камера фиксирует изображение крошечных кровеносных сосудов на сетчатке, подсвеченных слабым лазером. Считается, что подобные сканеры невозможно обмануть, и потому они устанавливаются в зонах с очень высокой безопасностью. Их высокая стоимость и необходимость помещать глаз близко к камере мешает их более широкому использованию.